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À Wameru, quelque part en Afrique, le docteur Marsh Tracy, vétérinaire, dirige un centre d'études sur le comportement des animaux sauvages (Wameru Study Centre). Pour l'aider dans sa tâche, il est entouré de sa fille Paula et de deux naturalistes: l'américain Jack Dane et Mike. À cette équipe se joindront Bart Jason, un ex-chasseur de fauves reconverti en guide pour les safaris photos et Jenny Jones, un orphelin de sept ans recueilli par le docteur.

On peut également y voir Clarence, un lion qui louche, ainsi qu'un chimpanzé nommé Judy qui sont devenus en réalité les vraies vedettes de la série. L'histoire était principalement concentrée autour de la préservation de la faune contre les braconniers et autres menaces. Marsh Tracy donnait souvent un coup de main au garde-chasse local, l'officier de district Hedley, un Britannique qui avait de la difficulté à faire régner l'ordre sur son territoire.

Animaux féroces, tribus hostiles, le danger guette continuellement l'équipe du centre de recherches. La jungle et ses mystères sont sans cesse à découvrir. Daktari, en plus de nous faire vivre des situations dangereuse et des moments drôles, nous renseigne sur l'Afrique, sa flore et sa faune.